Desde el año 1997 que Empresas AquaChile cree en la importancia de la genética aplicada a sistemas de producción intensiva de peces y desde ese entonces inició el desarrollo de un programa de selección de familias en las especies salmón atlántico, salmón coho y trucha. La experiencia en este proyecto demostró la necesidad de incorporar a él nueva tecnología conforme a su avance.
Así, en 2007, nace Aquainnovo, producto de la iniciativa de AquaChile S.A., la mayor empresa salmonera de capitales chilenos en el país, en asociación con la Universidad de Chile, a través del Concurso Nacional de Consorcio Tecnológico Empresariales de investigación de Innova Chile, constituyéndose en una inédita decisión de aporte significativo de la empresa privada a la investigación y desarrollo en el área de la acuicultura Chilena. Aquainnovo, como estaba previsto, ha debido abrirse paso en un ambiente de gran competitividad, nacional e internacional, en relación a su eficiencia y salir al mercado con productos y servicios de calidad y con oportunidad, pero a su vez ha debido adecuarse a una nueva realidad no prevista de la industria salmonera nacional, demostrando una gran flexibilidad para ello.
En poco tiempo, AquaInnovo ha se ha ido posicionando como una de las empresas líderes en Chile y Latinoamérica en biotecnología aplicada a la acuicultura desarrollando proyectos exitosos de mejoramiento genético en Salmones, truchas y Tilapia, contribuyendo de manera importante al conocimiento nuevo tanto en esta área como en el diagnóstico de enfermedades de peces, también ha generado una importante red de conocimiento con instituciones en Chile así como también en Brasil, Canadá, Costa Rica, España, Estados Unidos, Escocia, Gales, Irlanda, Israel y Malasia; países que han desarrollado proyectos en el área de la genética y genómica, aplicados a distintas especies de salmónidos y también a Tilapia.