Su financiamiento, a 5 años plazo, asciende a 10 millones de dólares, donde el 50% corresponde a fondos concursables aportados por Innova Chile de Corfo y el 50% restante son aportes de Empresas AquaChile.
El proyecto, que comenzó como una idea el año 2004, contempla la construcción y habilitación de un Centro de Investigación y Transferencia Acuícola (CITA), un Laboratorio de Genética Molecular de última generación y servicios de biotecnología.
En Aquainnovo participa un equipo humano compuesto por importantes genetistas a nivel nacional y mundial y, asimismo, se forman estudiantes candidatos a doctorado. Junto a ellos trabajan un equipo de profesionales y técnicos del más alto nivel del área biotecnológica.
La propiedad se distribuye en 83% de participación de Empresas AquaChile, 15% de la Universidad de Chile y 2% de un socio minoritario.